คณะทันตแพทยศาสตร์ แบ่งโครงสร้างภายใน ดังนี้
กลุ่มงานบริหารคณะ

- งานบริหารทรัพยากรบุคคล นโยบายและแผน
– หน่วยบริหารทรัพยากรบุคคล
– หน่วยนโยบายและแผน
– สำนักงานคณบดี - งานคลังและพัสดุ
– หน่วยคลัง
– หน่วยพัสดุ - งานการศึกษา
– ทะเบียนและประเมินผลการศึกษา
– กิจการนักศึกษา
– บัณฑิตศึกษา
– วิเทศสัมพันธ์ ส่งเสริมและพัฒนาการศึกษาด้วยตนเอง ห้องปฏิบัติการกลาง - งานเทคโนโลยีสารสนเทศ
- หน่วยส่งเสริมและพัฒนางานวิจัย
กลุ่มงานวิชาการ

- สาขาวิชาชีววิทยาช่องปากและระบบการบดเคี้ยว
- สาขาวิชาทันตกรรมประดิษฐ์
- สาขาวิชาทันตกรรมป้องกัน
- สาขาวิชาทันตกรรมอนุรักษ์
- สาขาวิชาวิทยาการวินิจฉัยโรคช่องปาก
- สาขาวิชาศัลยศาสตร์ช่องปากและแม็กซิลโลเฟเชียล
กลุ่มงานวิจัยและนวัตกรรม

- ศูนย์วิจัยกลางทางทันตกรรม
- สถานวิจัย
– ศูนย์วิจัยโรคที่พบบ่อยในช่องปากและวิทยาการระบาด
– ศูนย์วิจัยเนื้อเยื่อเพื่อกะโหลกศีรษะ ใบหน้า และขากรรไกร - หน่วยวิจัยทางทันตกรรม
- สำนักงานจริยธรรมการวิจัยในมนุษย์
กลุ่มงานพันธกิจเพื่อสังคม
ประกอบด้วย

- งานสื่อสารองค์กร ประกอบด้วย โสตทัศนศึกษา ประชาสัมพันธ์ และกองทุนเฉลิมพระเกียรติ ๑๐๐ ปีสมเด็จย่า คณะทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
- โรงพยาบาลทันตกรรม
– ฝ่ายสนับสนุนงานบริการการรักษา/อำนวยการและธุรการโรงพยาบาล ประกอบด้วย หน่วยเงินรายได้ หน่วยเภสัชกรรม หน่วยเวชระเบียน หน่วยเวชภัณฑ์กลาง หน่วยปฏิบัติการทันตกรรม
– ฝ่ายการรักษาพยาบาล ประกอบด้วย หน่วยคลินิกบริการและเบ็ดเสร็จ หน่วยคลินิกบัณฑิตและเฉพาะทาง1 หน่วยคลินิกบัณฑิตและเฉพาะทาง หน่วยคลินิกรวม1 หน่วยคลินิกรวม2 หน่วยคลินิกรวม3 หน่วยคลินิกรังสี หน่วยห้องผ่าตัดและหอผู้ป่วย ศูนย์แก้ไขฟื้นฟูสภาพความผิดปกติ ขากรรไกร ใบหน้า และการบดเคี้ยว ศูนย์ดิจิตอลทางทันตกรรม (Digital Dentistry Center) คลินิกบริการทันตกรรมนอกเวลา
– งานอาคาร วิศวกรรม และซ่อมบำรุง - ฝ่ายทันตสาธารณสุขชนบทภาคใต้ และการศึกษาต่อเนื่อง