คณะทันตแพทยศาสตร์ แบ่งโครงสร้างภายใน ดังนี้

กลุ่มงานบริหารคณะ

• งานบริหารทรัพยากรบุคคล นโยบายและแผน
  – หน่วยบริหารทรัพยากรบุคคล
  – หน่วยนโยบายและแผน
  – สำนักงานคณบดี
• งานคลังและพัสดุ
  – หน่วยคลัง
  – หน่วยพัสดุ
• งานการศึกษา
  – ทะเบียนและประเมินผลการศึกษา
  – กิจการนักศึกษา
  – บัณฑิตศึกษา
  – วิเทศสัมพันธ์ ส่งเสริมและพัฒนาการศึกษาด้วยตนเอง ห้องปฏิบัติการกลาง
• งานเทคโนโลยีสารสนเทศ
• หน่วยส่งเสริมและพัฒนางานวิจัย

กลุ่มงานวิชาการ

• สาขาวิชาชีววิทยาช่องปากและระบบการบดเคี้ยว
• สาขาวิชาทันตกรรมประดิษฐ์
• สาขาวิชาทันตกรรมป้องกัน
• สาขาวิชาทันตกรรมอนุรักษ์
• สาขาวิชาวิทยาการวินิจฉัยโรคช่องปาก
• สาขาวิชาศัลยศาสตร์ช่องปากและแม็กซิลโลเฟเชียล

กลุ่มงานวิจัยและนวัตกรรม

• ศูนย์วิจัยกลางทางทันตกรรม
• สถานวิจัย
  – ศูนย์วิจัยโรคที่พบบ่อยในช่องปากและวิทยาการระบาด
  – ศูนย์วิจัยเนื้อเยื่อเพื่อกะโหลกศีรษะ ใบหน้า และขากรรไกร
• หน่วยวิจัยทางทันตกรรม
• สำนักงานจริยธรรมการวิจัยในมนุษย์

กลุ่มงานพันธกิจเพื่อสังคม
ประกอบด้วย

• งานสื่อสารองค์กร ประกอบด้วย โสตทัศนศึกษา ประชาสัมพันธ์ และกองทุนเฉลิมพระเกียรติ ๑๐๐ ปีสมเด็จย่า คณะทันตแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยสงขลานครินทร์
• โรงพยาบาลทันตกรรม
  – ฝ่ายสนับสนุนงานบริการการรักษา/อำนวยการและธุรการโรงพยาบาล ประกอบด้วย หน่วยเงินรายได้ หน่วยเภสัชกรรม หน่วยเวชระเบียน หน่วยเวชภัณฑ์กลาง  หน่วยปฏิบัติการทันตกรรม
  – ฝ่ายการรักษาพยาบาล ประกอบด้วย หน่วยคลินิกบริการและเบ็ดเสร็จ หน่วยคลินิกบัณฑิตและเฉพาะทาง1 หน่วยคลินิกบัณฑิตและเฉพาะทาง หน่วยคลินิกรวม1   หน่วยคลินิกรวม2 หน่วยคลินิกรวม3 หน่วยคลินิกรังสี  หน่วยห้องผ่าตัดและหอผู้ป่วย  ศูนย์แก้ไขฟื้นฟูสภาพความผิดปกติ  ขากรรไกร ใบหน้า และการบดเคี้ยว ศูนย์ดิจิตอลทางทันตกรรม (Digital  Dentistry Center) คลินิกบริการทันตกรรมนอกเวลา
  – งานอาคาร วิศวกรรม และซ่อมบำรุง
• ฝ่ายทันตสาธารณสุขชนบทภาคใต้ และการศึกษาต่อเนื่อง